Il mantello arlecchino, uno dei più scenografici dell’alano, è dovuto alla presenza del gene  Merle e di quello H (harlequin), caratteristica che accomuna il colosso tedesco e poche altre razze. Questa caratteristica è presente anche in altre razze , dal Pastore della Beauce al Pastore dei Pirenei, dal Dunker al Bassotto. Il mantello arlecchino è dovuto alla presenza del gene Merle che altera la pigmentazione scura determinando il tipico disegno marmorizzato.  Il colore arlecchino è dato da una depigmentazione parziale della melanina. L’effetto produce mantelli grigiastri con macchie più scure di colore variabile a seconda della base su cui agisce.

Nell’Alano è però presente anche un gene H che fa sì che il mantello abbia fondo bianco con macchie nere. Il Pastore della Beauce è molto più comune nella versione nero-focata, l’arlecchino è decisamente meno frequente e si presenta macchiato di grigio e di nero distribuiti in ugual misura, con focature disposte come nel bicolore. Nel Pastore dei Pirenei la presenza del gene Merle determina un mantello blu screziato di nero.